剧情：
自西元20XX年，人类从 肯亚图尔卡纳湖的湖 畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后， 便开始对 它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立 电脑程式以启 动原始索哈尔，进行和上位 领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不 幸地，从上位领域流入下位领域 的能量造成了事象变移 ，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完 从从宇宙中“消 失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故 事开始前十五的T.C .4753年，米尔奇亚行 星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米 尔奇亚行星的人类疑似遭到 了格诺西斯(Gnosis )的攻击，并在冲突事件后 消失，但事件的真 相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原 始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索 哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的 研究成果、米尔奇亚 的U.M.N .座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料 又被封存在百式 观测用合成人(Re lian)M.O.M. O.的意识内，然而 这么做却引起了 各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦 政府(游戏中统 治各行星的政府，英文名Galaxy Federat ion)雇了一个名叫 Ziggurat 8的生化人(C yborg)，以保护M.O.M.O.的安全 。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几 年，也就是大约 在游戏EPI开始的时候，当时最大 的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名 义，进行对格诺西斯用战 斗兵器KOS-MOS的 开发计划，但和当时多使用合成人(Relian) 与生化人(Cyborg )的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。 另一方面，在EPI开始时 ，参与KOS-M OS开发计划的贝克达公司 第一开发局研究人员卯 月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的 Woglinde号太空船进行旅途。但 没想到其太空船却被冲著索 哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS- MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中…… 想到那个神出鬼没的 东西，印颜的心又剧烈跳动起来，“本来，昌长老感觉能按住那条大尾巴， 可是，不知怎的，它突然又厉害起来，然后，那 小冥兽，好像鬼魅一般，借着地利，连着抹了西才他们的脖子， 昌长老没办法，才 完全放开了 身体的封印。”
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